OneDrive for Businessでは、ローカルの同期対象フォルダの名前に組織名が入ります。
この組織名を変更した場合、同期の挙動はどうなるかをチェックしました。

1. 単に組織名を変更した場合

同期は問題なく続行します。その場合、ローカルの同期対象のフォルダ名に含まれる組織名は古いままです。

2. 組織名を変更した後にアカウントのリンクを解除＆再接続した場合

OneDriveアプリの設定からアカウント→このMacのリンクを解除、を選択します。
それからOneDriveのアプリを終了し、再起動してからアカウントを追加。

この時点でローカルの同期対象フォルダの名前を新しい組織名に差し替えます。すると、「このフォルダーにはすでにコンテンツが存在します」という警告が発生。

構わず同期を進めると、その後ローカルとクラウド上のファイルの差分チェックが走るようです。
だいたい１秒あたり１件のペース。

結論から言うと、組織名を変更した場合でも、ローカルとの同期を全てやり直すような仕様にはなっていませんでした。